通常のサイトやOffice365は基本的には比較的小さなデータを短時間転送していますので通信の輻輳は短時間で終わります。
Windows UpdateやStore Updateは複数の端末で同時に数MB~数GBの巨大なファイルを転送することになりますので、バースト状態でのデータ転送が長時間続くことになり、通信の輻輳も長時間化します。
一度、インターネットへのアップリンク回線の通信量を監視してみたらいかがでしょうか? おそらく、その時点で使える帯域を複数の端末の通信で使い切ってしまっていて通信の輻輳が発生しているはずです。
通常のWebサイトへのアクセスであれば、Web Proxyによるキャッシュサーバでアクセスの集中を軽減できます。しかし、Windows UpdateやStore Updateが扱う数MB~数GBの巨大なファイルは通常はキャッシュの対象になっていません。
インターネットへのアップリンク回線への負荷を軽減したいのであれば、WSUSを導入して、明示的に更新ファイルを共有した方が効果的でしょう。もっとも、管理する台数や更新タイミングによっては、今度はWSUSへのアクセスの集中が問題になるかもしれません。