WSUSのクライアント設定を確認したほうがいいのではないか?
グループポリシーがローカルグループポリシーになっていてWSUS設定がなく、インターネット上のWindows Updateのサーバに接続しようとしてトラブルが発生するなんてことはよくあります。
特にActiveDirectopry関連や、[コンピュータの構成]-[管理用テンプレート]-[Windows コンポーネント]-[Windows Update]の[自動更新を構成する]や[イントラネットのMicrosoft更新サービスの場所を指定する]のあたり。
追加の質問があるのであれば、TechNet Forumの方で質問したほうがいいでしょう。
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