OS のオマケ機能にあまり期待しない方がよいと思います。
何もないよりはマシという程度でしょう。
そのような高負荷作業をするなら、やはり専用ツールは必須だと思います。
PDF変換する際の画像圧縮形式によってはパソコンもそれなりのスペックが要求されますが、
今回の現象はパソコン側の原因ではなく、Microsoft print to pdf の想定外の使い方が原因ではないかと。
私も Microsoft print to pdf と Adobe PDF を使い比べると、圧倒的に Adobe PDF の方が処理が安定しています。
とりあえずは、並列処理ではなく、一つずつの処理をしてはどうでしょうか。