piresan さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティをご利用いただき、ありがとうございます。
クリーン ブートに関するご質問ですね。
ご覧いただいたのは次のページで良いでしょうか。
◆システム構成ツールの起動時に ”スタートアップのオプションを選択" が選択される現象について
「設定がクリーンブートする前に戻っていません」とのことですが、これは「システム構成」画面の表示以外にも、例えば実際に常駐プログラムが起動しないといったことが起きているのでしょうか?
またクリーンブートを行った際は、「システム構成」画面の [サービス] タブや [スタートアップ] から手動でチェックを外したり、状態を無効にされたのでしょうか?
これらが関連なさそうであれば、PC を<セーフ モード>で起動した状態で msconfig で「システム構成」画面を表示させ、通常スタートアップに戻せるか試してみるのも方法かもしれません。
返信、お待ちしていますね。