アプリケーションのインストール時に、レジストリやシステムフォルダ(Windowsフォルダ配下等)にそのソフトが必要な設定情報の変更やファイルをコピーしている場合は、ソフトのインストール作業が必要となります。
貴方が、それらソフトのインストール時の詳細情報(レジストリ内容、コピーされるファイル群)を把握および所持しているなら、後から手作業を行ってもいいでしょう。
余計なトラブル(レジストリの編集結果によっては最悪OSが起動しなくなる可能性もある)を起こさない為に、素直にアプリケーションの再インストールをお勧めします。