shinich さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティへの投稿ありがとうございます。
Bluetooth のオフをコマンドとして実行する方法は無いか、ということですね。
手元の環境で試してみたところ、「net stop bthserv」で Bluetooth サービスを停止しても [設定] 画面上ではチェック オンのまま変わらず、こちらは関連していないようでした。
サービス / レジストリ / デバイス マネージャー項目など、チェックのオンオフでどの部分が変化するのか外部サイトなども含めて調べてみたのですが、こちらでは情報を見つけることはできませんでした。。。
コマンドやバッチの話題については、一般ユーザー向けのマイクロソフト コミュニティよりも管理者や IT プロフェッショナルの方が多く利用される「TechNet フォーラム」の方が情報が集まりやすいかと思いますので、そちらへの投稿も検討されてみてはいかがでしょう。