起動時にシステムの負荷が高いというのは、誰にでも発生します。よほど高性能で、メモリを大量に積んで、高速なストレージを使っていなければ、数分間は継続する状態です。そこでシステムの負荷が低下するまで待つか待たないかで、ユーザープロファイルやシステムプロファイルの読み込みでエラーが発生するかどうかが違ってきます。
一番見てわかりやすい壊れ方は、デスクトップが新規ユーザーと同じ状態になってしまったり、スタートメニューが壊れてしまったり、アプリケーションの設定がシステムのデフォルト値に戻ってしまったり、ファイル自体が壊れてしまって新しい設定が保存できなくなったりなどといったものです。コンポーネントストアやパッケージの管理データなんかが壊れると簡単にWindows Updateが動作しなくなります。
急がば回れということです。