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1スレッド1質問が原則なので、質問にだけ答えると、
この場合PCをクリーンインストールすればAppdataの中身も工場出荷時の初期状態に戻るのでしょうか?
c:\users%username%\appdataのことなら、
クリーンインストール、と、多くのメーカの工場出荷時の初期状態、で、c:\users%username%自体がない。
一部のメーカはユーザ作成済みで出荷するので、メーカ指定の初期状態に戻す操作で、そうなる。