単純にシステムプロファイルやユーザープロファイルが部分的に壊れているのか、Windowsのログイン時にシステムのサービスの起動や自動メンテナンスが終わるのを待たずにログインしているために設定が反映できていないかのどちらかでしょう。設定が壊れていてアップデート後に設定を引き継げないか、設定そのものは引き継いだが読み込みに失敗して反映されていないかのどちらかです。なお、設定の読み込みに失敗した場合、失敗した状態が新しい設定になってしまうことがあります。
共有関係の設定を保持している部分のレジストリなどが壊れているのであれば、基本的にはWindowsをインストールしなおすしかないでしょう。