元々のストレージはHDDですか?
インストール先をSSDに指定していても、HDDを繋いだままだと起動に重要なファイルがHDDに優先して作られます。
HDDだったのかわかりませんが、そもそもインストール時は元のストレージを繋いでおく必要があったのですか?
普通OSのインストールは、インストール時に不要な機材は一切外して、最小構成でインストールします。
今の状態と希望を家に例えるなら
「間違って別の土地に家をはみ出して建ててしまった。もう家具を運び込んでしまったので、そのまま家を壊さずに自分の土地に移動させられないか?」
というのに似ているような気がします。
それは無理なので、SSDだけ繋いで他のストレージを外し、インストールを最初からやり直すのが一番早いと思います。
あるいは、Dドライブが使えない以外に問題が無いなら、無視してそのまま使うか。