別にねじれではなく、Windows にサインインしているのがAで、メールに使っているのがBという使い分けしていると言うことで、何の問題もないのでは。
むしろ何かの都合で問題になった時(他人から悪意のアクセスあるいは自分の操作ミスでロックされたとか)、いつでも代替できるように、複数持っている方が安全と思います。
(複数アドレスを持つのがむしろ普通と思います。本人確認連絡先の一部にも出来ます)
もし、B がマイクロソフト発行のメールアドレス(hotmail.xxx とか outlook.xxx やinfoseek.jp など)であれば、プロセス2、3のエイリアス設定は出来ません。(削除したアドレスの再登録は出来ません)
もし、B が他社メールアドレスであれば、エイリアス設定はできますが、前回答者がいわれる様に、他社アドレスをプライマリーにすると種々不都合が起きる可能性があります。(なお他社アドレスでもマイクロソフトアカウントのままで他のエイリアスに追加は出来ません。一度削除してからになります)