バックアップ機能の対象フォルダー「デスクトップ」というのは、場所の移動をしていなければ次の場所にあるフォルダーです。
Cドライブ ⇒ユーザー(Users) ⇒ログインしているユーザー ⇒**デスクトップ(**Desktop )
これをバックアップ対象にしていれば、「デスクトップ」フォルダー内のフォルダーやファイルは保存対象になります。
「デスクトップ」フォルダー内を確認してみてください。
ただし、デスクトップに表示されているものの中には、「デスクトップ」フォルダーにはないものもあり、これは保存対象になりません(通常であれば保存する必要がないものだと思います)。
デスクトップ画面内にあるものと「デスクトップ」フォルダー内を比べてみてください。