そのサイトのやり方だと、Default Userプロファイルの「DefaultLayouts.xml」を見に行くようにレジストリで設定しているだけなので、アクセス権限の問題で編集は不可になってもおかしくはないです(個人的には見せかけのスタートタイル初期化だと思う)
削除したレジストリのバックアップは取ってないですよね。
そうであれば復元ポイントが残っているのであれば変更前に復元するか、別ローカルアカウント(プロファイル)を作成してそちらに環境を移行するしか無いのでは?
あとは、別の識者の回答を待ってください。