パイン3220 さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティへの投稿ありがとうございます。
パソコンの初期化を検討されているのですね。
同じ Microsoft アカウントでサインインしている状態でも、別の PC であればそれぞれのユーザー フォルダーにデータは保存されているので、片方の初期化によってデータが消えることは無いです。
ただ、Windows の設定 (壁紙など) の同期を有効にしている場合、サインインするタイミングによっては初期化した側の設定が最新と認識されてそちら側に両 PC の設定が同期されてしまう可能性もありそうなので、もし有効にしている場合は一時的に同期をオフにしておくと良いかも知れません。