コンポーネントストアが異常になっている可能性が高いです。
Windows UpdateのトラブルシューティングおよびDismコマンドによるシステムファイルの復旧を試みてください。
最悪の場合、Windowsのインストールメディアにあるsetup.exeでインプレースアップグレードをして修復するか、WIndowsを新規にインストールしなおすことになります。
そもそもの話として、.NET Framework 3.5を有効化にしたことでシステムが不調になること自体が問題です。その時点で、既にコンポーネントストアを中心とした動作環境に問題が起きていたのでしょう。