FMV Q&A - [Windows 11] Windowsのセットアップを実行する方法を教えてください。 - FMVサポート : 富士通パソコン (fmworld.net)
手順25に
「スマートフォンとの連携に関する画面が表示された場合は、「スキップ」をクリックします。
表示されない場合は、次の手順に進みます。 」
とあります。
Windows セットアップ時にスマホ連携アプリの設定を行うためにはサイトの手順にある通りスマホでQRコードを読み取る手順が挟まるので、サポートページをわざわざ見ずとも大抵の人はスキップすると思います。
「Microsoftアカウントと電話がリンクされました。」は曲解せずともMicrosoft アカウントのセキュリティ情報(連絡先情報)先として電話番号が無事追加出来たというメッセージではないでしょうか?
いずれにしても初めの投稿文にあるような、写真が云々といったことは起こりえません。
スマホ連携アプリは、あくまでスマホで撮った写真がPC側でもアプリを開くだけで簡単に見れるだけのものです。