マイクロソフトアカウントへサインインしようとしたところ一部の登録内容がグーグルアカウントに変えられており
何がどのような情報に置き換えられていたというのでしょう?具体的に説明してください。
「グーグルアカウントに変えられて」というのが理解出来ません。Googleアカウントは、Google Chrome (Webブラウザ)やGoogle Workspaceスイート(Chromeアプリ・モバイルアプリ・デスクトップアプリ)を利用する際のアカウントでGoogleのメールGmailのメアドに紐づいた別のサービスです。Microsoftアカウントで*** @ gmail.comをエイリアスに指定していてもMicrosoftサービスには何の障害はないはずです。
Microsoftアカウントを2段階認証を有効にすると、サインインの度にパスワードとは別にセキュリティ情報の確認が実行されますが、Googleアカウントにも同じような機能があるので混乱しているのではないでしょうか?良く整理してください。