サンプリングレートは使用するデバイスドライバーによって決定されていると思いますが、使用しないサンプリングレートを削除する方法については分かりません。
勝手に変更されてしまうとすれば、他のデバイスなどが影響しているのかもしれません。
Valve Indexは使用したことがないので詳細は分かりませんが、設定項目に「サンプリングレートの変更を許可する」というような項目があれば「許可」にすれば44100Hzとなっても48000Hzでの再生が可能になるかもしれません。
また、他の再生アプリなどが影響している可能性があれば、クリーンブートで問題のアプリを特定できるかもしれません。
「サービス」タブについては不具合が起きるので、必ず【Microsoft のサービスをすべて隠す】にチェックしてMicrosoft のサービスを隠してから【すべて無効】をクリックしてください。
また、メーカー製PCの一部では特定のサービスを無効にするとトラブルが起きる場合もあります。
たとえば下のサイトの「ご注意」に書かれているような例がありますので、事前にメーカーサイトで確認したほうがいいかもしれません。
トラブル時に備えて事前にシステムの復元ポイントを作成しておいた方がいいと思います。
問題があるアプリが特定できれば、必要がないものであればアンインストールする、必要があればそのアプリのサウンド再生設定の内容などを確認してみるという方法があります。
参考になるかどうか分かりませんが、私もサンプリングレートで苦労したことがあります。
通常はオンボードサウンドを無効化して、アナログ再生用サウンドカードだけを使用しています。
音源がCD由来なのでWindows 7では多くの対応サンプリングレートから44100Hzを指定して再生していましたが、Windows 10に変えたときにサウンドカードメーカではWindows 10用ドライバーがないためサウンドチップメーカーのドライバーを使うしかなく、こちらは対応サンプリングレートが48000Hzだけになっていました。
再生アプリのサンプリングレート設定は次のようになっています。
オンボードサウンドを無効にした場合は、使用可能なサンプリングレートは48000Hzだけです(下図①)
オンボードサウンド(Realtek)を有効にした場合は、複数のサンプリングレートが使用可能になっています(下図②)
この状態で44100Hzだけをチェック(下図③)しても再生されますが、「必要なときサンプリングレートの変更を許可する」のチェックを外すと再生されません。
チップメーカーのドライバーでは48000Hzでしか再生できず、44100Hzの場合はレート変換を行っているようです。
聴感上の違いは分からないので、これ以上の対応はあきらめました。