結論は、戻し方がアウトです。
まず、元のHDDを戻します。富士通との事なのでハードディスクにリカバリー領域が格納されている筈です。
元のハードディスクに装着し直した後に、リカバリー領域からシステムをインストールし直します。
大概、リカバリー領域から呼び出す事が出来ればシステムは工場出荷状態に戻ってくれます。
リカバリー領域が異常終了する等の場合は、富士通に連絡をして事情を正直に話してどうすれば良いのか聞いてください。
修理に出してくださいと言われたら修理に出すように。サポートから外れてしまったのであれば、仕方ありません。
新しいのを購入する検討に入るかパーツを利用した自作に切り替えるかツクモやドスパラで相談してくださいとしか言えません。
悪しからず、ご了承お願いいたします。
<追記>
あ、後富士通やNECやDELL等の会社のマザーボードはオリジナルなのでマザーボードのみ取り換えても上手く動かないと思います。
なので、マザー取り換えてCPU取り換えてメモリー取り換えてになるので・・・・使えるのはハードディスクとDVDドライブのみなのです。