基本的には、レジストリが壊れているのが原因です。
基本的にレジストリクリーナーの類は使用してはいけません。
ユーザープロファイルとシステムプロファイルに関係して、Windowsの自動ログインは論外ですし、通常に起動した場合でも起動時の初期化処理でシステムがビジーである間はログインすることを避けた方がいいです。ストレージのアクセスランプが確認できるなら、アクセスが緩慢になってからログインした方が安全です。
おそらくレジストリの[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ShellCompatibility]あたりとそれに関連する設定が破壊されています。
Windowsのインストールメディアをマウントして、その中にあるsetup.exeを実行してインプレースアップグレードをすることにより修復したほうがいいでしょう。それで修復できないのであれば新規にWindowsをインストールしなおしてください。