個人用メールと予定表の管理に Outlook for iOS を使用する
Outlook に関しては設定に存するということになります。
SSL TLS などを使用する設定にして運用していれば暗号化されます。
Excel, Word, PowerPoint、OneNote に関しては、
それらが直接 何らかの Cloud Data とアクセスする機能はありません。
Office 365 であれば、 基本は OneDrive を介したものになると思います。
OneDrive であれば 暗号化で保護されています。
Office 365—Our latest innovations in security and compliance
https://blogs.office.com/en-us/2014/10/28/office-365-latest-innovations-security-compliance/?eu=true
OneDrive Security: An Overview