プレゼンテーションを作成し、マルチメディア オブジェクトやテキストによる特殊効果などのグラフィック効果を追加するためのツールを提供する Microsoft プレゼンテーション グラフィック製品のファミリ。
powerpointには図のファイルサイズを自動で縮小する機能があるようで、保存した際に圧縮が行われ、白黒反転が起きてしまっているようです。(私はpower point 2010です)
私のスキャナでA3用紙を200、400、600dpiでそれぞれスキャンした結果、600dpiのみ白黒反転しました。
対処法としては
・解像度を落としてスキャンする。
・オプション→詳細設定→イメージのサイズと画質
「ファイル内のイメージを圧縮しない」にチェックを入れてから保存する。
が私の場合では有効でした。
参考までにどうぞ。