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ishi4519 さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティ への投稿ありがとうございます。
Windows 起動時 (ログオン時) の Lync 2013 動作についての質問ですね。
マイクロソフトのサポートページではないのですが、次のページの内容が参考になると思います。
参考ページ : Lync 2013 をログオン時に自動起動しないようにする
手元の PC (Windows 8 + Lync 2013) で試したところ、Lync 2013 の自動起動の設定を変更することが出来ました。
Windows 7 の環境でも同じ動作になると思うので、「Windows にログオンするときに自動的に Lync を起動する」 の設定をオフにする方法を試してみてください。
試した結果などの書き込み、お待ちしています。