Officeボタン → [Excel のオプション] → 保存を選択して、ブックの保存の既定のファイルの場所に設定されているフォルダーが既定の保存先になります。
それ以外は、ファイルを保存するときに自分が指定した保存先になります。
最近使用したドキュメントに表示される一覧の数は、[Excel のオプション] の詳細設定を選び、大分類項目の表示の下にある「最近使用したドキュメントの一覧に表示するドキュメントの数」で設定されている数までが表示されます。
この値は最大50まで指定可能ですが、この設定値以上のものは古い順に一覧から消えていきます。
注)設定を変更しても、一覧から消えたものは一覧に復活がしません。
新たに使用したものが追加されることになりますので、一覧に表示されないものは、開くで保存先のフォルダを選択して、該当のファイルを指定して開く必要があります。
※エクスプローラを使って、目的に合わせて保存先のフォルダを作成しておき、そこに作成したファイルを保存するようにしておけば、後からも簡単にファイルを探し出すことができるようになります。
最近使用したドキュメントの一覧のファイル名の右端に「横向きのピン」が表示されています。
良く使うファイルで一覧から消えないようにするには、このピンをクリックすると緑色のマークが付きます。
このマークがあるファイルは、他の新しいファイルが一覧に追加されても、一覧から消去されずに残るようになります。
必要なファイルに対しては、この機能をうまく活用すると良いのではないかと思います。