データの分析、グラフ作成、および通信のためのツールを備えた Microsoft 表計算ソフトウェアのファミリ。
>また、必ず起きるわけではありません。
今のところ、この6000データあるグラフでしか生じていません。
単なるメモリ不足等の問題でしょうか・・・・
そうですね、プロットデータ数が多いために発生している可能性が高いような気がします。
エクセルでは(特に古いバージョン)、プロット数が多いデータを散布図などのグラフにする場合は、データを系列ごとに追加しないとエラーが出るなどの問題がこれまでにもありました。
http://support.microsoft.com/kb/151266/ja
そもそも、上記のグラフに追加データ範囲をコピー貼り付けする方法でも、系列を自動認識できないなどの問題が発生することがありますので、グラフをコピーする方法ではさらにエクセルが正しくデータを認識できない可能性が増えると思います。
いずれにしろ、グラフやデータ範囲のコピー貼り付けという簡便な方法でデータ系列を追加できない場合は、最終的に手動でデータ系列を追加する操作を行うのがグラフ作成の基本操作になると思います。
上記の方法でグラフを作成してもY軸の表示に問題が発生するなら、データ数が多いための不具合だと考えられます。