使いやすいように設計された Microsoft リレーショナル データベース管理システムのファミリ。
オートフィルター画面ではコマンドボタンは使用不可になるのは仕様ですので、無理ですね。
対策としては下記の2つが考えられます。
1.リボンの「フィルターの実行」コマンドをクリックしする。
2.別にフォームを作成して、「ポップアップ」を「はい」にしておく。
そこにコマンドボタンを配置して、そのクリック時に下記のコードを記述する。
DoCmd.SelectObject acForm, "フォーム名"
DoCmd.RunCommand acCmdApplyFilterSort
あるいは、オートフィルターは諦めて、自前でフィルター機能を実装する。
例えば、下記にサンプルがあります。