データの分析、グラフ作成、および通信のためのツールを備えた Microsoft 表計算ソフトウェアのファミリ。
そういう動きをするってのは気が付きませんでしたが、そういうのはExcelの都合でそうなっているんだろうぐらいしか誰にも言えないと思いますよ。
コピー元をCloseしなければ、望みどおりの動きをすることまで分かってらっしゃるなら、処理が完了してからコピー元のブックを閉じれば良いだけの話です。
>コピー操作が終わったら、一時的なファイルを消して、コピー元ファイルをアクティブにしていました
こんなことを書かれているということは、なにかおかしなコーディングをされているような気がします。
コピー前後でどのようなコードを書かれているのか提示していただければアドバイスします。
多分ちゃんと書かれていればこんなことは問題にならないはずです。