データの分析、グラフ作成、および通信のためのツールを備えた Microsoft 表計算ソフトウェアのファミリ。
こちらでも同じ条件で試してみたところ、Excel2007ではご質問のように条件付き書式を設定した黄色のセルが取り残されました。
ちなみに、Excel2010とExcel2013では問題なくセルの色で並べ替えることができました。
なお、Excel2007以外では、色で並べ替えるとき、「順序」の欄に、黄色、橙、紫、赤のすべての色が候補として出現しますが、Excel2007では黄色と、設定していない黒と白が選択肢として表示されるなど、正常な挙動ではありません(Excel2007のバグと思われます)。