LV73 さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティへの投稿、ありがとうございます。
OneNote 2016 で手書きした線が勝手に消えてしまうことがあるのですね。
調べてみたところ、海外のフォーラムに同様の症状と思われるスレッドが見つかりました。
◇Inking in OneNote on Surface Pro 3 disappears!
※<Bing Translator>などの翻訳サービスをご活用ください。
上記スレッドの内容を見ると、 KB3093266 で修正されたというようなことが書いてありました。
Windows Update で最新の更新プログラムをインストールしてから動作を確認してみてはいかがでしょうか。
※症状が出るのは "時々" ということなので、しばらく様子を見てみる必要があります。
状況が変わらない場合は、どのような方法で手書きを行っているのか (タッチ、マウス、スタイラスペン) についても投稿してみてください。
LV73 さんからの返信、お待ちしています。
更新プログラムのKB3093266ですが、現在Surfaceにインストールされておりませんでした。
また現在は最新の状態であり、追加の更新プログラムがインストールされる状態ではありません。
現状としては、ノートブックの同期が原因ではないかと、手動による同期に切り替えて使っています。
心持ち発生しにくくなった気がしますが、ごくたまに手書きの線が消えるという同じ症状が発生しています。
OneNoteへは、Surface Pro3に付属している専用スタイラスペンを使用しております。