タグは Microsoft によって監視されません。
手元の環境で検証した結果、3000ユーザーでも問題無くConvertできたので、以前存在していた1000ユーザーという制約は現時点では無くなっているように思えます。
その上でなのですが、Convert-MsolDomainToStandardでSkipUserConversionを$trueで実行すると、初期パスワードとしてランダムな物が各ユーザーに割り振られます。その処理に若干時間が掛かり、おそらく7000ユーザーですと全ユーザーの処理が終了するのに数時間掛かる可能性があると思われます。(例えば、昨晩だと1000ユーザー当たりおよそ50分程度の処理速度でした)
その間、ユーザーはOffice365にログインできないという形になるかと思うのですが、AAD Connectに移行された後のパスワード管理はどのようにされる予定でしょうか? もしパスワード同期で実施される場合や、初期パスワードを管理者が事前に告知する等の場合はSkipUserConversionを$falseで実施し、初期パスワードは別途対応する方が効率的なのでは無いかな、と思います。