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Get-Userで値が表示されないのはAADからExchange Online側にその属性が同期されていない為、
Get-MSOLUserで表示されないのは、このコマンドで表示できるスキーマに含まれていない、という物だと思います。
AADに同期されているのは、一度AD→AADに同期された値が次のAADのDelta Importの結果として再同期されて戻ってきているので確認はできます。
ただ、現状だとExchange OnlineまでDescriptionを同期する方法は無いという形になると思います。