いつも Office 365 をご利用いただきありがとうございます。
2017 年 4 月 6 日現在、SharePoint 管理センター (および OneDrive 管理センター) の [デバイス アクセス] ページにおいて**、[先進認証を使用していないアプリからのアクセスを制御する]**設定の [許可] と [ブロック] の表示が逆になっているという事象が報告されております。

そのため、現時点では、[許可] を選択するとブロックするように動作し、[ブロック] を選択すると許可するように動作します。
上記画面のように、既定では [ブロック] (実際は許可として動作) に設定されています。
OneDrive 管理センターの [デバイス アクセス] ページにおいては、[先進認証を使用していないアプリからのアクセスを許可する]
にチェックを入れると、先進認証を使用していないアプリからのアクセスをブロックする動作となります。

Microsoft では、現在本問題について修正するために調査を行っております。
お客様にはご迷惑をお掛けして申し訳ございません。
事象が修正されましたら、こちらの記事にて追記させていただきます。
引き続き Office 365 をよろしくお願いいたします。
Online Services Support Team_Microsoft
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