データの分析、グラフ作成、および通信のためのツールを備えた Microsoft 表計算ソフトウェアのファミリ。
Excel Onlineということは、通常データは、OneDriveなどのネットワーク上に保存されてるだけのことにすぎませんから、Mac に Office Home&Student2016for Mac をインストールしても、OneDriveなどの保存されている場所にアクセスして、呼び出せばいいだけなので、特に問題ないかと思います。
Macに、Officeをインストールしたのを機に、今後、データは、Mac内に保存しておきたいということであれば、一度OneDrive上のExcelのデータを、MacにインストールされたExcelで開いて、ファイル>コピーを保存 として、保存の際、保存先を "自分のPC" に変更して、書類などに保存しておけばよろしいかと思います。