データの分析、グラフ作成、および通信のためのツールを備えた Microsoft 表計算ソフトウェアのファミリ。
Ptokiwa さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティをご利用いただき、ありがとうございます。
複数の Excel 2016 のファイルを同時に開くと [並べて比較] のボタンが押せなくなるのですね。
手元にある Windows 10 + Office 365 ProPlus バージョン 1711 (ビルド 8730.2127) 、 Excel 2016 (16.0.8730.2046) の環境で試してみたところ、同じくウィンドウが同じサイズで重なって開き、[並べて比較] ボタンがグレーアウトしてクリックできない状態になりました。
また、Excel ファイルを 1 つずつ開いた場合は問題ありませんでした。
ほかに Excel 2016 (16.0.7329.1054) のバージョンがあったので確認してみると、こちらのバージョンでは [並べて比較] が利用できる状態でした。 (ウィンドウも少しずれて開きます)
こちらの環境でも再現するので、アップデートによる影響かもしれませんね。。
この動作については関連しそうな設定項目も見あたらないので、下記の方法でフィードバックを送信していただければと思います。