こんにちは。
いつも Office 365 をご利用頂きありがとうございます。
java mail の詳細については私どもから詳細な情報が提供が困難ではありますが、IMAP プロトコルを使用してメール サーバーにアクセスを行うものと想定させていただきます。
IMAP プロトコルを使用して Exchange Online のメールボックスにアクセスを行った場合、そのメールボックスに対して Outlook などでアクセスした場合に表示されるような共有メールボックスの列挙ということは行われません。
java mail でのアクセスが IMAP プロトコルによるアクセス可否が前提となる場合、参考になるかと存じますので以下の記事を併せてご案内させていただきます。
共有メールボックスを Outlook メール クライアントから POP/IMAP 接続する方法
https://blogs.technet.microsoft.com/exchangeteamjp/2015/08/13/outlook-popimap-32/
以上ご確認のほどお願い申し上げます。