kanamori93 さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティへの投稿ありがとうございます。
Microsoft Equation 3.0 で作成された数式を、Word 2016 で使用することについてのご質問ですね。
・以前のバージョンの Word で入力された数式を変更する
上記ページは機械翻訳のため少しわかりにくいのですが、「ただし、古い数式に~」以下の記載によると、「旧数式エディターやアドインを使って書かれた数式を新バージョンの Word の組み込みの数式ツールで使用する場合は、手動で再作成する必要がある」となるようです。
※ 「英語版ページ」の原文
However, any old equations written using Equation 3.0 or using an add-in must be manually recreated if you wish to use Word 2013’s built-in equation editor.
残念ながら一括変換ということはできず、手動でひとつずつ再作成をしていくより無さそうですね。。。
コピー貼り付けで数式が大きくなってしまうという現象についてですが、これはどの数式 / どのファイルでも発生するでしょうか。
手元の環境では確認ができなかったのですが、一般的な原因切り分けとして「Office セーフ モード」で Word を起動した場合も同様か、試してみてはいかがでしょう。