ユーザーがノートを電子的にキャプチャ、整理、再利用できるようにする Microsoft 製品のファミリ。
英語圏の Forum や Community でも 同様の現象が報告されていますが、
今のところ これといった 解決方法や、
関連情報はなさそうです。
ただ、 OneNote の Data の 保存される場所 や権限にも依存するということ、
私が見た範囲では、 OneNote 2013, 2016 の環境の報告であることから、
OneNote 2010 から Upgrade しても同様の現象が再現される可能性が考えられます。
あとは、 問題の 無音の WMA File を 調査して、
再生 Audio Channel の変更や、 異なる Player での 再生時の挙動などを確認してみてもよいかもしれません。