データの分析、グラフ作成、および通信のためのツールを備えた Microsoft 表計算ソフトウェアのファミリ。
hama hito さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティへの投稿ありがとうございます。
Windows 10 / Excel 2016 の環境で、他環境では動作していたマクロが正常に動作しないのですね。
一度目の実行では指定フォルダーに保存されるとのことですが、その作成された Excel ファイルと PDF ファイルをいったん別の場所 (デスクトップなど) に退避しておいて、その状態からもう一度マクロ実行した場合はどうなるでしょうか。
Windows や Excel の設定が原因となっていないかの切り分けとして、常駐ソフトを読み込まずに PC を起動する「クリーン ブート」や、アドインなどを読み込まずに Excel を起動する「Office セーフ モード」の状態でも同様か、確認をしてみてはいかがでしょう。
上記でも同様の現象が起こる場合、マクロのコードに修正などが必要となる可能性もありそうなので、VBA 専用のトピックのある「MSDN フォーラム」に投稿をして情報を集めてみると良いかと思います。