ユーザーがノートを電子的にキャプチャ、整理、再利用できるようにする Microsoft 製品のファミリ。
> 同期しているwindows用OneNoteを立ち上げると問題なく使用できるが
上記の同期している というのは どこと同期されているのでしょうか?
Office 365 / OneDrive for Business でしょうか?
あるいは Consumer 向けの OneNote Online を利用されているのでしょうか?
OneDrive for Business / ShrePoint Online を使って同期している OneNote であれば、
iPad に OneDrive を 導入して 同期させて、
そこに保存されている OneNote File から 開くことが可能か確認をしてください。