コンテンツ、知識、アプリケーションの共有と管理に使用される Microsoft 製品とテクノロジのグループ。
>移行後に追加でSharePointの社内ポータルの構築、Microsoftセキュリティ導入の際のサポート等、
要望が出てきた際、Microsoft公式ではサポートいただけるものでしょうか。
こちらには限度があります。基本は各組織独自のシステムやプログラムの構築はしないが原則です。(VBAやAccessデータベース構築も含め)
そちらも併せて問い合わせしてください。
事情はわかりませんが代理店がそこまで面倒みてくれていたのなら、直接よりも別のベンダーをあたるのも良いでしょう。