Web、メール、印刷ドキュメントを作成するための Microsoft ワード プロセッシング ソフトウェア製品のファミリ。
ハイパーリンクは作成しているWord文書内で完結している機能で、リンク先に影響を与えることはありません。
例えば、Word文書に[ https://www.google.co.jp/ ]と入力して末尾でEnterキーを押せばウェブページ(Googleのトップページ)へのハイパーリンク[ https://www.google.co.jp/ ]となります(下図)が、[ https://www.google.co.jp/ ]を削除してもGoogleのトップページが無くなるということはありません。
他のWord文書に挿入したブックマークへのハイパーリンクについても同じで、ハイパーリンクを削除するとかWord文書を削除してもリンク先のWord文書に影響することはありません。
参考:ハイパーリンクとは何?
Word文書を2つ作成して試してみたらどうでしょうか。
①:[文書1]と[文書2]を作成して、[文書1]の中の文字列に「ブックマーク」を挿入して保存する
②:[文書2]の中に[文書1]の「ブックマーク」をターゲットにして「ハイパーリンク」を挿入して保存する
③:[文書2]の「ハイパーリンク」を削除する、あるいは[文書2]を削除する。
なお、下のサイトを参考にして「ブックマーク」の位置を表示できる設定にしておけば確認しやすいと思います。