コンテンツ、知識、アプリケーションの共有と管理に使用される Microsoft 製品とテクノロジのグループ。
> 会社のサーバーデータをSharePointで管理するためドキュメントにアップロード
サーバーデータとなると大量ファイルと推測しますが、どの様な手法でファイルをアップロードしていますか?
(移行ツールなどを利用してアップロードしていますか?)
> ある一定の階層からファイルがアップロードされずフォルダのみアップロードされる
それは、どの様にして確認しましたか?
エラーメッセージなどはありませんか?
> ファイルの容量やパスの長さなどサービスの制限事項にひっかかるファイルはありません
制限などに引っ掛かっていないのであれば、サポート窓口に確認すればいいのでは無いでしょうか?