エピソード

(R) Stan を使用して外部 R パッケージのモデルを推定する方法

代入 Ben Goodrich

利用者！ 国際Rユーザー2017会議

useR!2017: (R)Stan を使用してモデルを推定する方法...

Keywords: Bayesian, developeRs
Web ページ: rstan、 rstanarm、 rstantools、 StanHeaders、 bayesplot、 shinyStan、 loo、 home ページ
rstan パッケージは、R から Stan ライブラリへのインターフェイスを提供します。これにより、不明なパラメーターに関して密度関数が異なる事後分布から描画するスタンの高度なアルゴリズムにアクセスできます。 rstan パッケージは、ダウンロード数、引用数、および他のプロジェクトでの使用により、Depsy 全体の \(99\) 番目のパーセンタイルにランク付けされます。 この講演は、useR2016 での非常に成功した Stan ワークショップのフォローアップであり、他の R パッケージの保守担当者が、Stan のアルゴリズムを簡単に使用してパッケージが提供する統計モデルを推定する方法に焦点を当てます。 これらのメカニズムは、Stan を使用して回帰モデルを推定するための rstanarm パッケージをサポートするために開発され、その後 20 R パッケージで使用されていますが、おそらく広く知られていないため、手動で実行することは困難です。 さいわい、rstantools パッケージ内の rstan_package.skeleton 関数を使用してほとんどのプロセスを自動化できるため、パッケージ保守担当者は、Stan 言語で対数事後密度 (定数まで) を記述し、事前コンパイル済みの C++ 表現を呼び出すために R ラッパーを提供するだけで済みます。 結果として得られる R オブジェクトのメソッドを定義できます。これにより、ユーザーは、 bayesplot、 ShinyStan、 loo などの推定後パッケージを使用して結果を分析できます。
Carpenter、Bob、Andrew Gelman、Matthew Hoffman、Daniel Lee、Ben Goodrich、Michael Betan court、Marcus Brubaker、Jiqiang Guo、Peter Li、Allen Riddell を参照します。 2017。 "Stan: 確率論的プログラミング言語" 統計ソフトウェアのジャーナル 76 (1): 1-32. doi:10.18637/jss.v076.i01.