Digitale pathologie met behulp van de DICOM-service

Artikel
10/27/2023

Pathologie is een tak van medische wetenschap die voornamelijk betrekking heeft op de oorzaak, oorsprong en aard van de ziekte. Het omvat het onderzoek van weefsels, organen, lichamelijke vloeistoffen en autopsies om ziekte te onderzoeken en diagnosticeren.

In het verleden worden biopsies van weefsels opgeslagen in glazen dia's en onderzocht onder microscoop. Dit brengt uitdagingen met zich mee wanneer artsen en pathologen informatie moeten delen voor overleg en diagnose en voor onderzoek.

Digitale imaging wordt steeds populairder op het gebied van pathologie als een manier om het delen van afbeeldingen buiten het lab te ondersteunen, AI/ML-modellen te trainen en voor langetermijnopslag. Deze transformatie wordt gevoed door de commerciële beschikbaarheid van instrumenten voor het digitaliseren van microscoopdia's.

Tegenwoordig leveren digitale pathologiescanners over het algemeen afbeeldingen op in eigen indelingen. Dit maakt het delen en trainen van AI/ML-modellen ingewikkeld, wat veel van de voordelen van digitalisering vervaagt. Om deze transformatie te vereenvoudigen, beginnen veel organisaties digitale dia's van Wie le Slide Imaging (WSI) te converteren naar diCOM-standaardindeling. Zodra deze afbeeldingen in DICOM-indeling® zijn, kunnen deze afbeeldingen worden opgeslagen in commercieel beschikbare PACS-systemen, waar ze kunnen worden beheerd met behulp van hulpprogramma's en processen die meer dan tientallen jaren door radiologen zijn perfect gemaakt.

DICOM service voor digitale pathologie

De DICOM-service ondersteunt unieke vereisten voor digitale pathologie, zoals:

Schaal en prestaties die nodig zijn voor het uploaden van DICOM-exemplaren van pathologie die meerdere GB's groot zijn.
Snelle frametoegang zodat de webviewer DICOM-pathologieafbeeldingen soepel kan pannen en zoomen zonder vertraging of wazigheid.
Een rendabele manier om afbeeldingen lange termijn na diagnose op te slaan voor archivering en onderzoek.

Digitalisering

Hoewel de DICOM-standaard nu volledige dia-afbeeldingen (WSI) ondersteunt, leggen veel aanschafscanners geen afbeeldingen vast in de DICOM-indeling. De DICOM-service ondersteunt alleen afbeeldingen in de DICOM-indeling. Daarom is een indelingsconversie vereist voor WSI in andere indelingen. Er bestaan verschillende commerciële en opensource-oplossingen om deze indelingsconversies uit te voeren.

Hier volgen enkele voorbeelden van opensource-hulpprogramma's om uw eigen conversieprogramma te bouwen:

WSIDicomizer

Storage

Elke geconverteerde WSI resulteert in een DICOM-serie met meerdere exemplaren.

Batchupload

Gezien de grotere grootte en het aantal exemplaren dat moet worden geüpload, raden we aan batchupload van elke reeks of een batch geconverteerde WSI's te gebruiken met import

Uploaden via streaming

Als u elk bestand wilt uploaden zodra ze worden geconverteerd, kunt u de aanvraag voor één deel STOW gebruiken, zoals hieronder.

Vereisten

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

We hebben in enkele seconden getest hoe tientallen GB's worden geüpload.

Ophalen

Kijkers halen tegels op die zijn opgeslagen als frames in een DICOM-exemplaar. Elk DICOM-exemplaar kan meerdere frames bevatten. We raden u aan om parallel GET-frame met één onderdeel te gebruiken voor betere prestaties.

Vereisten

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

We hebben het downloaden van de tegel 60Kb getest in ongeveer 60-70 ms van de client.

Kijkers

U wordt aangeraden WSI Viewer te gebruiken die kan worden geconfigureerd met een DICOMWeb-service en OIDC-verificatie.

Voorbeeld van opensource-viewer

Volg de CORS-richtlijnen als de Viewer rechtstreeks communiceert met de DICOM-service

Een ISV-partner zoeken

Neem contact op dicom-support@microsoft.com met onze partner-ISV's die end-to-end oplossingen en ondersteuning bieden.

Volgende stappen

De DICOM-service implementeren in Azure

DICOMweb-API's gebruiken met de DICOM-service

Notitie

DICOM® is het gedeponeerde handelsmerk van de National Electrical Manufacturers Association voor haar standaardenpublicaties met betrekking tot digitale communicatie van medische informatie.

Share via