Patologia digital utilizando o serviço DICOM

Artigo
05/21/2024

A imagem digital em patologia fornece uma maneira de compartilhar imagens fora do laboratório, treinar modelos de IA/ML e armazenar lâminas de microscópio digitalizadas.

Para fazer esses benefícios acontecerem, muitas organizações convertem slides digitais WSI (Whole Slide Imaging) para o formato padrão DICOM®. Depois que as imagens estiverem no formato DICOM, você poderá armazená-las em sistemas PACS disponíveis comercialmente, onde poderão ser gerenciadas usando ferramentas e processos comuns de radiologia.

Serviço DICOM para patologia digital

O serviço DICOM suporta requisitos exclusivos de patologia digital, como:

Dimensionamento e desempenho necessários para carregar instâncias DICOM de patologia com vários GBs de tamanho.
Acesso rápido a quadros para permitir que o visualizador da Web faça panorâmica e zoom de imagens de patologia DICOM sem atrasos ou desfoques.
Uma maneira econômica de armazenar imagens pós-diagnóstico de longo prazo para uso em arquivamento e pesquisa.

Digitalização

Embora o padrão DICOM agora ofereça suporte a imagens de slides inteiros (WSI), muitos scanners de aquisição não capturam imagens no formato DICOM. O serviço DICOM suporta apenas imagens no formato DICOM, portanto, uma conversão de formato é necessária para WSI em outros formatos. Existem várias soluções comerciais e de código aberto para realizar essas conversões de formato.

Aqui estão alguns exemplos de ferramentas de código aberto para criar seu próprio conversor:

WSIDicomizer

Armazenamento

Cada WSI convertido resulta em uma série DICOM com várias instâncias.

Carregamento em lote

Considerando o tamanho maior e o número de instâncias que precisam ser carregadas, recomendamos o carregamento em lote de cada série ou um lote de WSIs convertidos usando Importar.

Upload de streaming

Se você quiser carregar cada arquivo à medida que ele é convertido, use a solicitação de peça única STOW no exemplo.

Pré-requisitos

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Testamos o suporte a dezenas de GBs de upload em poucos segundos.

Recuperação

Os visualizadores recuperam blocos armazenados como quadros em uma instância DICOM. Cada instância DICOM pode conter vários quadros. Recomendamos o uso de um quadro GET de peça única paralelo para um melhor desempenho.

Pré-requisitos

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Nós testamos o download de suporte de 60Kb tile em cerca de 60-70ms do cliente.

Visualizadores

Recomendamos o uso de qualquer visualizador WSI que possa ser configurado com um serviço DICOMWeb e autenticação OIDC.

Exemplo de visualizador de código aberto:

Siga as diretrizes do CORS se o Viewer interagir diretamente com o serviço DICOM.

Encontre um parceiro ISV

Entre em contato dicom-support@microsoft.com se quiser trabalhar com nossos ISVs parceiros que fornecem soluções e suporte de ponta a ponta.

Próximas etapas

Implantar o serviço DICOM no Azure

Usar APIs DICOMweb com o serviço DICOM

Observação

DICOM® é a marca registrada da National Electrical Manufacturers Association para suas publicações de padrões relacionados às comunicações digitais de informações médicas.

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