Sağlık verisi çözümlerinde DICOM veri dönüşümünü kullanın

Sağlık hizmetleri veri çözümlerindeki DICOM veri dönüşüm özelliği, çeşitli kaynaklardan Tıpta Dijital Görüntüleme ve İletişim (DICOM) verilerini almanıza, depolamanıza ve analiz etmenize olanak tanır. Özellik hakkında daha fazla bilgi edinmek ve nasıl dağıtılacağını ve yapılandırılacağını anlamak için bkz:

• DICOM veri dönüşümye genel bakış
• DICOM meta veri dönüştürme eşleştirme
• DICOM veri dönüşümünü dağıtma ve yapılandırma

DICOM veri dönüşümü Microsoft Fabric içindeki sağlık verisi çözümlerinde isteğe bağlı bir yetenektir.

Önkoşullar

DICOM veri dönüşüm ardışık düzenini çalıştırmadan önce, DICOM veri dönüşümsini dağıtma ve yapılandırma bölümündeaçıklanan önkoşulları, dağıtım işlemini ve yapılandırma adımlarını tamamladığınızdan emin olun.

Veri alımı seçenekleri

Bu makalede, DICOM görüntüleme veri kümesini almak, dönüştürmek ve birleştirmek için DICOM veri dönüştürme özelliğinin nasıl kullanılacağı hakkında adım adım yönergeler sağlanır. Bu özellik aşağıdaki iki veri alımı seçeneğini destekler:

• Seçenek 1: DICOM dosyalarının uçtan uca alımı. Yerel (DCM) veya sıkıştırılmış (ZIP) biçimlerdeki DICOM dosyaları göl evine alınır. Bu seçeneğe Alma seçeneği adı verilir.

• Seçenek 2: DICOM hizmetiyle entegrasyon. Alım, Azure Health Veri Hizmetleri'ndeki DICOM hizmetiyle yerel tümleştirme yoluyla kolaylaştırılır. Bu seçenekte, DCM dosyaları önce Azure Sağlık Verisi Hizmetleri DICOM hizmetinden Data Lake Storage Gen2'ye aktarılır. İşlem hattı daha sonra Kendi Depolama Alanınızı Getirin (KCG) alma düzenini izler . Bu seçeneğe Azure Sağlık Verisi Hizmetleri (AHDS) seçeneği denir.

Dönüştürme eşleştirme ayrıntılarını anlamak için bkz: Sağlık hizmetleri veri çözümlerinde DICOM meta veri dönüştürme eşleştirmesi.

Seçenek 1: DICOM dosyalarının uçtan uca alımı

Bu seçenekte, önceden oluşturulmuş veri işlem hattını kullanarak DICOM dosyalarındaki görüntüleme verilerini alır ve sağlık hizmetleri veri çözümleri göl evlerine dönüştürürüz. Uçtan uca dönüşüm aşağıdaki ardışık adımlardan oluşur:

1. DICOM dosyalarını OneLake'e alma
2. OneLake'te DICOM dosyalarını düzenleme
3. DICOM meta verilerini bronz göl evine çıkarın
4. DICOM meta verilerini FHIR (Hızlı Sistem Durumu Birlikte Çalışabilirlik Kaynakları) biçimine dönüşüm
5. Bronz göl evindeki ImagingStudy delta tablosuna veri alın
6. Verileri düzleştirin ve gümüş göl evindeki ImagingStudy delta tablosuna dönüştürün
7. Verileri altın göl evindeki Image_Occurrence tabloya dönüşüm ve alma (isteğe bağlı)

İpucu

Bu besleme seçeneği, sıkıştırılmış ZIP dosyaları içeren 340ImagingStudies örnek veri kümesini kullanır . Alternatif olarak, DICOM dosyalarını Ingest klasörüne yerleştirerek doğrudan yerel DCM biçiminde alabilirsiniz. ZIP dosyaları içinde, DCM dosyaları birden çok iç içe geçmiş alt klasör halinde yapılandırılabilir. DCM dosyalarının sayısı veya alınan ZIP dosyalarındaki alt klasörlerin sayısı, derinliği ve iç içe yerleştirilmesi konusunda bir sınırlama yoktur. Dosya boyutu sınırları hakkında daha fazla bilgi için bkz: Besleme dosyası boyutu.

Adım 1: DICOM dosyalarını OneLake'e alın

Bronz göl evindeki Alma klasörü bir bırakma (kuyruk) klasörünü temsil eder. DICOM dosyalarını bu klasörün içine bırakabilirsiniz. Dosyalar daha sonra bronz göl evi içindeki organize bir klasör yapısına taşınır.

1. Bronz göl'daki Ingest\Imaging\DICOM\DICOM-HDS klasöre gidin.

2. Seç ... (üç nokta) >Karşıya Yükle>klasörü.

3. Içindeki SampleData klasöründen 340ImagingStudies görüntüleme veri kümesini seçin ve yükleyin. SampleData\Imaging\DICOM\DICOM-HDS Alternatif olarak, örnek veri kümesi yüklemek için OneLake dosya gezginini veya Azure Depolama Gezgini'ni de kullanabilirsiniz .

Adım 2: Görüntüleme veri işlem hattını çalıştırın

DCM/ZIP dosyalarını bronz göl'daki Ingest klasörüne taşıdıktan sonra, artık verileri gümüş göl olacak şekilde düzenlemek ve işlemek için görüntüleme veri işlem hattını çalıştırabilirsiniz.

1. Sağlık hizmetleri veri çözümleri ortamınızda sağlık#_msft_imaging_with_clinical_foundation_ingestion veri işlem hattını açın .

2. Bronzdan gümüş göl'ye kadar görüntüleme verilerini işlemeye başlamak için Çalıştır düğmesini seçin.

Bu veri işlem hattı sırayla beş not defteri çalıştırır: üçü sağlık hizmetleri veri temelleri özelliğinin bir parçası olarak dağıtılır ve ikisi DICOM veri dönüştürme özelliğinden dağıtılır. Bu not defterleri hakkında daha fazla bilgi edinmek için bkz: DICOM veri dönüştürme: Yapıtlar.

Adım 3: Gümüşten altına dönüştürme not defterini çalıştırın

Not

Bu dönüştürme adımı isteğe bağlıdır. Yalnızca DICOM verilerinizi Gözlemsel Tıbbi Sonuçlar Ortaklığı (OMOP) ortak veri modeli (CDM) biçimine daha fazla dönüştürmeniz gerekiyorsa kullanın. Aksi takdirde, bu adımı atlayabilirsiniz.

Bu dönüşümü çalıştırmadan önce, sağlık hizmetleri veri çözümlerinde dönüştürme özelliğini OMOP dağıtın ve yapılandırın .

Görüntüleme işlem hattını çalıştırdıktan sonra, görüntüleme verileriniz gümüş göl'ye dönüştürülür. Gümüş göl, çeşitli modalitelerden gelen verilerin yapılandırılmış bir şekilde yakınsamaya başladığı başlangıç noktası olarak hizmet eder. Verilerinizi OMOP Kohortları bulma ve oluşturma (önizleme) özelliğinde kullanılmak üzere araştırma standardına daha fazla dönüştürmek için gümüşten altına dönüştürme not defterini çalıştırın.

1. Sağlık hizmetleri veri çözümleri ortamınızda sağlık#_msft_omop_silver_gold_transformation not defterini açın.

   Bu not defteri, kaynakları gümüş göl'den altın göl'daki CDM delta tablolarına dönüştürmek için OMOP sağlık hizmetleri veri çözümleri OMOP API'lerini kullanır. Varsayılan olarak, not defteri yapılandırmasında herhangi bir değişiklik yapmanız gerekmez.

2. Not defterini çalıştırmak için Tümünü çalıştır'ı seçin.

   Not defteri, gümüş göl'daki OMOP ImagingStudy delta tablosunda yeni veya güncelleştirilmiş kayıtları izlemek ve işlemek için izleme yaklaşımını uygular. Silver göl'daki FHIR delta tablolarından (ImagingStudy tablosu dahil ) verileri altın göl'daki (Image_Occurrence tablo dahil OMOP ) karşılık gelen delta tablolarına dönüştürür. Bu dönüştürme hakkında daha fazla bilgi için bkz: Gümüşten altına delta tablosu için dönüştürme eşleştirme.

   Ayrıntılı eşleştirme OMOP bilgi için eşleştirme bkz OMOP .

Adım 4: Verileri doğrulayın

Gerçek dünya senaryolarında veri alımı, farklı kalite düzeylerine sahip kaynakları içerir. Veri doğrulama bölümündeayrıntılı olarak açıklanan doğrulama altyapısı, sağlanan görüntüleme örneği verilerinin bazılarında kasıtlı olarak doğrulamaları tetikler. DICOM standartlarına uymayan dosyalar Başarısız klasörüne taşınır ve işlenmez. Ancak, tek bir dosya hatası, görüntüleme örneği verilerinde gösterildiği gibi tüm işlem hattını kesintiye uğratmaz. İşlem hattı ve ilişkili not defterleri başarıyla çalışır, ancak altındaki Başarısız Imaging\DICOM\DICOM-HDS\YYYY\MM\DD klasörü uyumsuz bir dosya içerir. Diğer tüm geçerli dosyalar başarıyla işlenir ve bu da genel olarak başarılı bir işlem hattı durumuyla sonuçlanır. Görüntüleme işlem hattının geçersiz dosyaları nasıl işlediğini göstermek ve veri kümesi sorunlarını belirlemenize yardımcı olmak için bu geçersiz dosyayı kasıtlı olarak görüntüleme örneği verilerine dahil ederiz.

İşlem hattının ham DICOM dosyalarından tüm meta verileri başarıyla ayıkladığını onaylamak için bronz göl açın, SQL analizi uç nokta geçin ve Yeni SQL sorgusu'nu seçin.

İşlem hattı doğru şekilde çalıştırıldıysa, ImagingDicom tablosunda 7739 başarıyla işlenmiş DICOM örneğini görmeniz gerekir. Doğrulamak için aşağıdaki SQL sorgusunu çalıştırın. İşlemin başarılı olması için Sonuçlar bölmesinde 7739'u görmeniz gerekir. Bu sayı, Bilgisayarlı Tomografi (BT) ve Manyetik Rezonans Görüntüleme (MRI) taramaları gibi farklı modalitelerden elde edilen verileri içeren örnek verilerdeki toplam DICOM örneği sayısını temsil eder.

select count(*) from ImagingDicom

İşlem hattının göl evlerini başarıyla nemlendirdiğini onaylamak için gümüş göl'yi açın, SQL analiz uç nokta geçin ve Yeni SQL sorgusu'nu seçin. Doğru bir işlem hattı çalıştırması için başarıyla işlenmiş 339 ImagingStudy kaynağını görmeniz gerekir. Doğrulamak için aşağıdaki SQL sorgusunu çalıştırın. Başlangıçta 340 ImagingStudy kaynağıyla başlıyoruz, ancak işlem sırasında bir hatayla karşılaşıyoruz.

 select count(*) from ImagingStudy

2. Seçenek: DICOM hizmetiyle tümleştirme

Önemli

Bu dönüştürme seçeneğini yalnızca Azure Health Data Services DICOM hizmetini kullanıyorsanız ve DICOM API'sini dağıttıysanız kullanın.

Bu dönüşüm yaklaşımı, Kendi Depolama Alanınızı Getirin (BYOS) modelini Azure Health Data Services DICOM hizmetiyle genişletir . DICOM hizmeti, DICOM nesnelerini depolamanıza, gözden geçirmenize, aramanıza ve silmenize olanak tanıyan DICOMweb API'lerinin bir alt kümesidir. Dönüştürme işlem hattının DICOM verilerinize doğrudan erişebilmesi için Fabric çalışma alanınıza bağlı Gen2 hesabıyla Azure Data Lake Storage tümleşir.

Alternatif olarak, Azure DICOM API'sini kullanmayı atlayabilir ve Data Lake Storage Gen2 hesabınızda depolanan DICOM dosyalarını alabilirsiniz (bu durumda, 5 adım ile başlayın).

1. Azure Health Veri Hizmetleri'nde DICOM API'sini dağıtma bölümündekiyapılandırmayı gözden geçirin ve tamamlayın.

2. Azure DICOM hizmetini dağıttıktan sonra, DCM dosyalarını almak için Mağaza (STOW-RS) API'sini kullanın . OneLake dosya gezgini veya Azure Depolama Gezgini kullanarakgörüntüleme örneği verilerinden bir DCM dosyası indirerek test edin.

3. Tercih ettiğiniz dile bağlı olarak, aşağıdaki seçeneklerden birini kullanarak DCM dosyalarını sunucuya yükleyin:

   • C# ile DICOMweb standart API'lerini kullanma
   • cURL ile DICOMweb standart API'lerini kullanma
   • Python ile DICOMweb standart API'lerini kullanma

4. Dosya yüklemenin başarılı olup olmadığını doğrulayın:

   1. Azure portalında DICOM hizmetine bağlı depolama hesabını seçin.
   2. Kapsayıcılar'a gidin ve yolu [ContainerName]/AHDS/[AzureHealthDataServicesWorkspaceName]/dicom/[DICOMServiceName] izleyin.
   3. Buraya yüklenen DCM dosyasını görüp göremediğinizi kontrol edin.

   

   Not

   • Dosya adı sunucuya yüklendiğinde değişebilir. Ancak, dosya içeriği değişmeden kalır.
   • Dosya boyutu sınırları hakkında daha fazla bilgi için bkz: Besleme dosyası boyutu.

5. Data Lake Storage Gen2 konumunda depolanan DICOM dosyası için bronz göl içinde bir kısayol oluşturun. Gen2 kısayolu oluşturma bölümündeki Azure Data Lake Storage adımları izleyin.

   • Azure DICOM hizmeti için, hizmetle oluşturulan Data Lake Storage Gen2 hesabını kullandığınızdan emin olun.
   • Azure DICOM hizmetini kullanmıyorsanız, yeni bir Data Lake Storage Gen2 hesabı oluşturabilir veya mevcut bir hesabı kullanabilirsiniz. Daha fazla bilgi edinmek için bkz : Kullanmak için bir depolama hesabı oluşturma Azure Data Lake Storage.

   Tutarlılık için, kısayolu oluşturmak için aşağıdaki klasör yapısını kullanın: Files\External\Imaging\DICOM\[Namespace]\[BYOSShortcutName]. Değer Namespace , farklı kaynak sistemlerden kısayolların mantıksal olarak ayrılmasını sağlar. Örneğin, değer için Namespace Data Lake Storage Gen2 adını kullanabilirsiniz.

   

   Not

   OneLake kısayolları, Data Lake Storage Gen2'nin ötesinde birden çok depolama sistemini de destekler. Desteklenen depolama türlerinin tam listesi için OneLake kısayollarına bakın.

6. BYOS'u etkinleştirmek için yönetici göl yapılandırın:

   1. Healthcare#_msft_admingöl adresine gidin ve altındaki deploymentParametersConfiguration.json dosyasını açın . Files\system-configurations

   2. Bu yapılandırma dosyasında BYOS ayarını etkinleştirin. deploymentParametersConfiguration.json dosyasını aşağıdaki klasör yolundan açmak için OneLake dosya gezginini kullanın: OneLake - Microsoft\[WorkspaceName]\healthcare#_msft_admin.Lakehouse\Files\system-configurations Dosyayı açmak, parametreyi byos_enabled aramak ve true olarakayarlamak için herhangi bir JSON veya metin düzenleyicisi (Windows Not Defteri gibi) kullanın.

      

7. DICOM veri dönüştürme özelliği artık klasör hiyerarşisinden/yapısından bağımsız olarak kaynak Data Lake Storage Gen2 konumundaki tüm DICOM dosyalarınıza erişebilir. Alma seçeneğinde yapıldığı gibi DICOM dosyalarını el ile içeri almanız gerekmez. Yürütmeye şuradan başlayınAdım 2: Görüntüleme işlem hattını kullanmak ve DICOM verilerinizi dönüştürmek için önceki bölümde yer alan görüntüleme veri işlem hattını çalıştırın.

Not

Azure Health Data Services DICOM hizmetiyle tümleştirme sınırlamalarını anlamak için bkz.

İlgili bilgiler

• Sağlık hizmetleri veri çözümlerinde DICOM meta veri dönüştürme eşleştirmesi
• DICOM veri dönüşümünü dağıtma ve yapılandırma
• DICOM veri dönüşüm kullanımında dikkat edilmesi gereken öğeler