Microsoft Genomics：常見問題

請在 Microsoft Genomics 服務的 config.txt 檔案中，將 process_name 指定為 gatk4。 請注意，我們會依照標準費率向您收取費用。

若要壓縮 vcf 或 gvcf 輸出，您可以使用選用引數進行輸出壓縮。 這相當於對 vcf 或 gvcf 輸出執行後接 -tabix 的 -bgzip，以產生 .gz (bgzip 輸出) 和 .tbi (tabix 輸出) 檔案。 bgzip 可壓縮 vcf 或 gvcf 檔案，而 tabix 會建立壓縮檔案的索引。 引數是布林值，預設會將 .vcf 輸出的這個引數設為 false，並將 .gvcf 輸出的這個引數設定為 true。 若要在命令列上使用，請將 -bz 或 --bgzip-output 指定為 true (執行 bgzip 和 tabix) 或 false。 若要在 config.txt 檔案中使用此引數，請將 bgzip_output: true 或 bgzip_output: false 新增至檔案。

本公司保證 Microsoft Genomics 服務有 99.9% 之時間，可供接收工作流程 API 要求。 如需詳細資訊，請參閱 SLA。

Microsoft Genomics 是根據每個工作流程所處理的 Gb 數來計費。 如需詳細資訊，請參閱定價。

執行 msgen help 即可取得完整的可用命令與引數清單。 如果未提供其他引數，它會顯示可用的說明區段清單，每個 submit、list、cancel 和 status 各有一個區段。 若要取得特定命令的說明，請輸入 msgen help command；例如，msgen help submit 可列出所有提交選項。

最常用的命令是 msgen 用戶端的引數，包括：

移至 Azure 入口網站，然後開啟您的 Genomics 帳戶頁面。 在 [管理] 標題之下，選擇 [存取金鑰]。 您可以看到 API URL 以及存取金鑰。

移至 Azure 入口網站，然後開啟您的 Genomics 帳戶頁面。 在 [管理] 標題之下，選擇 [存取金鑰]。 您可以看到 API URL 以及存取金鑰。

如果您想要在不中斷服務使用的情況下更新 (重新產生) 存取金鑰，您就需要兩個存取金鑰。 例如，如果您想要更新的第一個金鑰，則您所有的新工作流程就應使用第二個金鑰。 然後，等到所有使用第一個金鑰的工作流程都完成之後，再更新第一個金鑰。

您的儲存體帳戶金鑰用來建立 Microsoft Genomics 服務的短期存取權杖，以讀取您的輸入檔案並寫入輸出檔案。 預設權杖持續時間為 48 小時。 使用 submit 命令的 -sas/--sas-duration 選項可以變更權杖持續時間；此值是以小時為單位。

否。 Microsoft Genomics 不會儲存任何客戶資料。

支援以下參考：

msgen 了解以下列格式的組態檔：

• 所有選項都是以金鑰/值組的形式提供 (以冒號分隔其值與金鑰)。 空白字元會被忽略。

• 以 # 開頭的程式碼行會被忽略。

• 任何長格式的命令列引數都可以轉換成金鑰，方法是移除其前置連字號並以底線取代文字之間的連字號。 以下是一些轉換範例：

  命令列引數	組態檔程式行
  -u/--api-url-base https://url	api_url_base:https://url
  -k/--access-key KEY	access_key:KEY
  -pa/--process-args R=B37m1	process_args:R-b37m1

下一步

使用下列資源來開始使用 Microsoft Genomics：

• 透過 Microsoft Genomics 服務開始執行您的第一個工作流程。 透過 Microsoft Genomics 服務執行工作流程
• 提交您自己的資料以供 Microsoft Genomics 服務處理：配對的 FASTQ | BAM | 多重 FASTQ 或 BAM