在 Microsoft Genomics 中使用 FASTQ 檔案輸入來提交工作流程

本文示範如何在您的輸入檔案是單一一組的 FASTQ 檔案時，將工作流程提交至 Microsoft Genomics 服務。 本主題假設您已安裝並執行 msgen 用戶端，且熟悉如何使用 Azure 儲存體。 如果您已使用提供的範例資料成功地提交工作流程，即準備好繼續進行本文。

設定：將您的 FASTQ 檔案上傳至 Azure 儲存體

假設您有兩個檔案，reads_1.fq.gz 和 reads_2.fq.gz，且已將它們上傳至 Azure 中的儲存體帳戶 myaccount 作為 https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads_1.fq.gz 和 https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads_2.fq.gz。 您具有 API URL 以及存取金鑰。 您需要 https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs 中的輸出。

將作業提交至 msgen 用戶端

以下是您必須提供給 msgen 用戶端的引數最低組數，為了清楚起見，已新增分行符號：

若為 Windows：

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz ^
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

若為 Unix：

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz \
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

如果您偏好使用設定檔，以下是它可能包含的內容：

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads_1.fq.gz
input_blob_name_2:                reads_2.fq.gz
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

使用這個引動過程來提交 config.txt 檔案：msgen submit -f config.txt

後續步驟

在本文中，您已將一組 FASTQ 檔案上傳至 Azure 儲存體，並已透過 msgen Python 用戶端將工作流程提交至 Microsoft Genomics 服務。 若要深入了解工作流程提交以及可與 Microsoft Genomics 服務搭配使用的其他命令，請參閱我們的常見問題集。