Win10 の IoT Enterprise、Win7-8.1 の for Embedded Systems は、ほぼ通常の Windows のバイナリに対して、組み込み機器向けの制約条件を付加したライセンスで販売しているものです。
Win10 になってから、非 Enterprise のサポートサイクルが短くなったことで、LTSC/LTSB という 10 年サポートのようなビルドに需要が出てきているので、Embedded 販売をこれまでやってきてなかったところも売り始めているのかもしれません。
Embedded の本来の意図である「特定の用途」を目指した機器や組み込み向けの PC ボードのようなものではなく、普通の PC 相当であれば、サポート延命の法人のニーズを拾おうとしているものなので、組み込み用ではないでしょうね。
何らかの組み込み機器・システムの一部として採用を考えるなら、いつまで販売するか?を示してくれるような販売者を頼った方が良いのは確かです。