一応、サードパーティ製のセキュリティ対策ソフトでブラウザーに拡張機能を追加するようなものがあれば、その拡張機能をアンインストールするか、セキュリティ対策ソフトごとアンインストールしてみてください。
さらに
- Windows をクリーンブートする
- Windows に新規ユーザーアカウントを作成して、その新規アカウントでサインインする
も試しても良いでしょう。
これらでも改善が無ければ、Azulean さんが書かれているようにブラウザーとキーマップユーティリティの競合の問題なので、物理的にキーマップが変えられるキーボードを使う(あるいは HHKB のように最初から Ctrl の位置が異なるものを使う)しか対策は無いと思います。